Meskipun manfaatnya besar, implementasi arsitektur hijau masih menghadapi beberapa tantangan:

  1. Biaya Awal (Initial Cost): Seringkali, material berkelanjutan dan teknologi energi terbarukan memiliki biaya pembelian awal yang lebih tinggi dibandingkan metode konvensional.

  2. Kurangnya Edukasi: Masih banyak kontraktor dan pekerja yang belum familiar dengan teknik konstruksi hijau.

  3. Regulasi: Regulasi dan insentif pemerintah yang belum sepenuhnya mendukung adopsi bangunan hijau secara masif.

Meskipun demikian, perlu ditekankan bahwa biaya operasional dan pemeliharaan jangka panjang bangunan hijau jauh lebih rendah, memberikan pengembalian investasi (ROI) yang kuat dari waktu ke waktu.